Studia w Princeton thumb|Finkelstein przemawiający w Kalkucie w 2013 r. thumb|Komiks autorstwa Carlosa Latuffa przedstawiający Finkelsteina komentującego wydarzenia w Izraelu Pierwsze kontrowersje wzbudziła jego praca doktorska na temat syjonizmu, którą zaczął pisać na uniwersytecie Princeton. Kolejne pojawiły się w 1984 r., gdy Finkelstein poddał dogłębnej analizie cenioną wówczas książkę Joan Peters From Time Immemorial, opisującą źródła konfliktu izraelsko-palestyńskiego. Finkelstein stwierdził, że książka celowo próbuje kompromitować bojowników palestyńskich i jest „monumentalnym szalbierstwem”, a jego wnioski podchwyciło wielu naukowców i komentatorów. Od tego czasu książka J. Peters uznawana jest za „kontrowersyjną”.
Noam Chomsky twierdzi, że po konflikcie z Joan Peters władze Princeton University próbowały nie dopuścić do nadania Finkelsteinowi tytułu doktora, a uczyniły to jedynie – jak zaznaczył – „by uniknąć kompromitacji”.