Historia Lipinek sięga czasów średniowiecza. W 1339 r. wielki mistrz Dytryk von Altenburg nadał niejakiemu Wykerowi 80 łanów na założenie na prawie chełmińskim miejscowości Wykeri villa, późniejszych Lipinek. W średniowieczu wieś była własnością zakonu krzyżackiego i podlegała komturstwu radzyńskiemu. Podczas wojny polsko-krzyżackiej w 1414 roku wieś doszczętnie została zniszczona, ocalał tylko kościół. W 1466 r. wieś włączono do Korony Polskiej jako część starostwa radzyńskiego.
W okresie międzywojennym miejscowość była siedzibą komisariatu Straży Celnej „Lipinki” oraz stacjonowała tu placówka Straży Celnej „Lipinki”
W czasie I wojny światowej poległo w Lipinkach 45 osób – ich nazwiska umieszczone są na marmurowej płycie w dzwonnicy kościelnej. Podczas II wojny światowej wielu mieszkańców walczyło o wolność Polski na różnych frontach europejskich. Wielu z nich poległo. Niektórzy mieszkańcy zostali wywiezieni na Syberię, część już nigdy nie wróciła, ludzie ci zmarli z zimna, głodu i wyczerpania.
23 stycznia 1945 roku wieś została wyzwolona spod okupacji niemieckiej przez żołnierzy radzieckich. W 1959 r. we wsi zabłysło po raz pierwszy światło.