Z powodu swojego zainteresowania bombą H, Teller odmówił udziału w pracach nad obliczeniami implozji bomby atomowej. Było to źródłem napięć z innymi badaczami i spowodowało konieczność zatrudnienia dodatkowych naukowców. W 1946 roku Teller opuścił Los Alamos, aby objąć stanowisko profesora na University of Chicago.
Po dokonaniu przez ZSRR w 1949 r. próbnej eksplozji atomowej Teller powrócił do Los Alamos w 1950 r., aby wziąć udział w programie budowy bomby wodorowej rozpoczętym przez prezydenta Trumana z inicjatywy samego Tellera. W ciągu tego roku rosła niecierpliwość Tellera w stosunku do postępów programu, co wywołało jego nalegania na zatrudnienie większej liczby teoretyków oraz zarzucanie kolegom braku wyobraźni. To jeszcze bardziej pogorszyło jego stosunki z pozostałymi badaczami. Gdy wraz ze Stanisławem Ulamem ukończył ostateczny projekt bomby H, Teller nie został wybrany szefem projektu. Opuścił Los Alamos i w 1952 r. przyłączył się do Lawrence Livermore, nowo założonego oddziału University of California Radiation Laboratory. Różnice między Tellerem i wieloma spośród jego kolegów zwiększyły się jeszcze bardziej, gdy w 1954 r. wystąpił on przeciwko Robertowi Oppenheimerowi.