Bonaparte, dowiedziawszy się o wygranej swojego marszałka, początkowo nie chciał uwierzyć w siłę przeciwnika. Kurierowi, który przywiózł raport, rzekł: „Twój dowódca widzi podwójnie” (co odnosiło się do słabego wzroku Davouta). Potem nie szczędził pochwał i na korpus Davouta posypał się deszcz odznaczeń. Lecz w oficjalnym biuletynie armii Bonaparte uznał bitwę pod Auerstedt za fragment bitwy pod Jeną, tj. jej prawe skrzydło. Współcześni uważali, że Napoleon był zazdrosny o sławę.
Po praktycznym wyeliminowaniu Prus z wojny z IV koalicją antyfrancuską kampania pruska skupiała się głównie na pościgu rozbitych wojsk pruskich, oraz zdobywaniu kolejnych twierdz, dopóki siły francuskie nie wkroczyły na tereny pruskiego zaboru Polski i zaczęła się tzw. przez Napoleona „Polska wojna wyzwoleńcza” z RosjąLeśniewski, roz. Wojna Polska..
thumb|upright=1.5|Bitwy pod Jeną i Auerstedt
Przyczyny wybuchu wojny Prusacy byli przekonani, że Napoleon doceni ich neutralność w czasie wojny z III koalicją w 1805 r. i zgodzi się na aneksję Hanoweru. Tymczasem cesarz nie zamierzał ułatwiać Berlinowi zadania, co zaowocowało utworzeniem Związku Reńskiego.