Kolejne zlecenia realizowane były przez architekta równolegle dzięki pracownikom jego warsztatu. Jednym z nich była budowa kościoła bernardynów w Sierakowie w latach 1626–1639, ufundowana przez Piotra Opalińskiego. Budowla ta została wzniesiona na planie krzyża ze sklepieniem wielopołaciowym, naśladującym konstrukcją tromp konstrukcję z kościoła San Lorenzo Maggiore w Mediolanie. Od 1626 do ok. 1641 roku odpowiadał za projekt i budowę kościoła parafialnego w Grodzisku Wielkopolskim. Zlecenie dla wojewody poznańskiego Jana Opalińskiego polegało na modernizacji średniowiecznej świątyni. Architekt dobudował dwie nawy boczne nakryte dwoma parami kopuł, wzniósł też dodatkową kopułę nad prezbiterium, a do wnętrza budowli wprowadził artykulację w postaci pilastrów hermowych i kolumn. W Grodzisku Wielkopolskim Krzysztof Bonadura ożenił się z jedną z mieszczek. Tu też urodził mu się syn Krzysztof.