Wody Rozległa i gęsta sieć rzek (pełnych progów i wodospadów), należących do dorzeczy Nilu i Konga. Największa rzeka Kagera płynie przez rezerwat Nyungwe na południu kraju, gdzie według ostatnich badań znajdują się źródła Nilu. Ma tam początek niewielki strumień, który przeradza się w Kagerę, która wpada do Jeziora Wiktorii, z którego z kolei wypływa Nil Wiktorii. Na północy i wschodzie kraju występują małe jeziora. Na granicy z Demokratyczną Republiką Konga, na obszarze Wielkiego Rowu Afrykańskiego (zachodniego) położone jest największe jezioro kraju: Kiwu (powierzchnia: 2650 km²).
Gleby Pokrywa glebowa na obszarze Rwandy jest bardzo zróżnicowana. Na wulkanicznych skałach występują żyzne kambisole, a na stromych zboczach – ubogie litosole. Na terenach gdzie rosną lasy, wykształciły się czerwone gleby ferruginowe.