W latach 50. (z inicjatywy Belgów i ONZ) zaczęły powstawać pierwsze organizacje polityczne skupiające ludność murzyńską, m.in. Narodowa Unia Rwandy (reprezentująca Tutsi) oraz w 1957 r. Partia Emancypacji Ludu Hutu (PARMEHUTU). Władze belgijskie podsycały konflikty pomiędzy nimi, co doprowadziło w 1959 r. do wybuchu wojny domowej, w wyniku której Tutsi stracili swoją pozycję. Ostatni władca Rwandy i jego urzędnicy zostali wypędzeni z kraju, a do władzy doszli znacznie liczniejsi Hutu.
Na czele kraju stanął przywódca PARMENHUTU Grégoire Kayibanda, który po referendum z 1961 znoszącym monarchię został prezydentem (reelekcje 1965 i 1969). W 1962 ONZ cofnęła Belgii mandat powierniczy. Nastąpił rozpad Urundi i Rwandy, proklamowano niepodległość.
Po wygraniu wojny domowej, zwycięzcy Hutu dopuszczali się masakr ludności Tutsi, ci więc masowo uciekali za granicę, do Burundi i Ugandy.
W 1963 roku Tutsi podjęli zbrojną próbę odzyskania władzy, ale nie powiodła się ona i w rezultacie nastąpiły kolejne masakry, w których zginęło ok. 12 tys. ludzi.