W marcu 2001 został powołany na stanowisko ministra spraw wewnętrznych. Stał się jednym z najbliższych współpracowników prezydenta Władimira Putina. W 2002 stanął na czele popierającej prezydenta partii Jedna Rosja, która w 2003 wygrała wybory parlamentarne. Od 2003 pełnił funkcję przewodniczącego Dumy Państwowej i przewodniczącego frakcji parlamentarnej „Jedna Rosja”. Był również przewodniczącym Zgromadzenia Parlamentarnego Związku Białorusi i Rosji.
W czasie wydarzeń Pomarańczowej Rewolucji na Ukrainie w 2004 brał udział w obradach „okrągłego stołu” jako negocjator ze strony rosyjskiej.
Odznaczenia Order „Za zasługi dla Ojczyzny” II klasy (2005)Указ Президента РФ от 15 декабря 2005 г. N 1443 "О награждении орденом "За заслуги перед Отечеством" II степени Грызлова Б.В." Order „Za Zasługi dla Ojczyzny” III klasy (2008)Указ Президента Российской Федерации от 21.05.2008 г. № 822 Order Aleksandra Newskiego (2014)Собрание законодательства Российской Федерации, № 51, 20 декабря 2010 г. (часть III), ст. 6924 Order Honoru (2000)Указ Президента Российской Федерации от 20 декабря 2000 года № 2026 «О награждении орденом Почёта Грызлова Б.