Wersja 2 została przeprojektowana od zera ze względu na ujawnione w wersji 1.5 podatności na ataki kryptoanalityczne, umożliwiające wstrzykiwanie komend do zaszyfrowanego strumienia SSH. W 2009 roku opublikowano kolejny atak tego typu na wersję 2. Problem został naprawiony w OpenSSH 5.2 za pomocą zmiany domyślnego trybu szyfrowania z CBC na CTR.
Najczęściej stosowany sposób szyfrowania to AES, choć część serwerów nadal używa szyfrowania Blowfish i technik z rodziny DES.
Uwierzytelnienie użytkownika może się opierać na haśle, kluczu (RSA, DSA) lub protokole Kerberos.
Protokoły z rodziny SSH korzystają zwykle z portu 22 protokołu TCP, choć często stosuje się porty o innych numerach w celu utrudnienia wykrycia serwera SSH.
Protokół SSH jest zaimplementowany w warstwie aplikacji modelu OSI w ramach połączenia TCP.
Zastosowanie SSH jest zwykle używany do zdalnego logowania z komputerem i wykonywania poleceń, ale obsługuje także tunele, przekazywanie portów TCP i X11. Możliwe jest przesyłanie plików przy użyciu protokołów przesyłania plików SSH (SFTP) lub SCP. SSH używa modelu klient-serwer.
Standardowy port TCP 22 został przypisany do kontaktowania się z serwerami SSH.