Po powrocie do Ludwinowa przebywała tam przez czas powstania styczniowego, wspierając powstańców w służbach pomocniczych. Od połowy czerwca 1863, przez około dwa tygodnie, w Ludwinowie przebywał wyczerpany i chory Romuald Traugutt, którego później (w lipcu) Orzeszkowa własnym powozem odwiozła do granicy Królestwa Polskiego. W napisanych wiele lat później nowelach, takich jak Gloria victis, próbowała opisać swój udział w powstaniu w formie zbeletryzowanej.
Najprawdopodobniej mąż Orzeszkowej w samym powstaniu nie brał czynnego udziału, ale tylko za jego zgodą (i na jego odpowiedzialność) Romuald Traugutt mógł przebywać w Ludwinowie. Wskutek tego, zadenuncjowany przez służbę, Piotr Orzeszko został jesienią 1863 aresztowany, a w marcu 1865 zesłany na Sybir do guberni permskiej; jego majątek skonfiskowano. Eliza Orzeszkowa wbrew pierwotnym postanowieniom nie pojechała za nim, lecz na początku 1864 przeniosła się do Milkowszczyzny i wszczęła proces o stwierdzenie nieważności małżeństwa. Dzięki pośrednictwu kanoników murawiewowskich uzyskała je w 1869 r.