Pierwotnie mieściła się naprzeciw ołtarza św. Anny, pierwszym od strony wschodniej filarze międzynawowym po stronie południowej. W I poł. XVIII wieku została wykonana barokowa drewniana pokrywa przedstawiająca scenę chrztu Chrystusa w Jordanie. Przed połową XIX wieku czasze przemalowano na biało, a napis powleczono czarną farbą. Farbę wyskrobywał Wilhelm Kolberg, jednak jej pewne ślady zachowały się do czasów współczesnych. W 1881 roku została przeniesiona do Kaplicy Kopernika. Według reprodukcji zdjęć przed przeniesieniem chrzcielnica nie miała stopy. W 2017 roku przeprowadzono prace konserwatorskie chrzcielnicy.
Według tradycji w 1473 roku przy chrzcielnicy został ochrzczony Mikołaj Kopernik.
Opis Wysokość chrzcielnicy wynosi 110 cm. Chrzcielnica o średnicy 87 cm jest zbudowana z hemisferycznej, spłaszczonej u dołu czaszy odlanej z brązu. Metal, z którego wykonano czaszę, został odlany ze stopu, który jest na tyle twardy, że niemożliwe jest pobranie z niego próbki za pomocą tradycyjnych metod oraz na tyle dźwięczny, by wywoływał głośny rezonans podczas delikatnego skrobania. Przypuszcza się, że czaszę odlano w pracowni odlewnika dzwonów. Dekoracja czaszy świętojańskiej ma dwie wypukłe obręcze. Czasza opiera się ona na trzonie z kamienia, połączonej z czaszą za pomocą grubej warstwy nieoszlifowanej zaprawy.