W 1950 roku instytucje harcerskie przestały działać, a harcerze (ponad 3 tys.) zostali przeniesieni do Związku Młodzieży Polskiej.
Chorągiew Białostocka zaczęła ponownie działać na mocy rozkazu Głównej Kwatery Harcerstwa z 10 stycznia 1957, jej komendantem został Wacław Jakubowski, a zastępcą – Bronisława Tkaczukowa.
W chorągwi podejmowano wiele działań w celu aktywizacji środowiska wiejskiego. Powstały pierwsze bazy harcerskie np. w Suchej Rzeczce. Jedną z pierwszych i bardzo cenionych inicjatyw chorągwianych była akcja „Harcerska Służba Białostocczyźnie – contra B”. Proponowała ona podejmowanie zadań kulturowo-oświatowych, zadań z zakresu turystyki i sportu, zalesiania województwa oraz zadań na rzecz środowiska lokalnego i szkół. Ważnym polem działalności chorągwi było rozwijanie sprawności fizycznej i obronnej młodzieży. Reprezentacja chorągwi odnosiła duże sukcesy m.in. na Centralnych Manewrach Techniczno-Obronnych ZHP (I miejsce podczas IV i II miejsce podczas V CMTO). Ponadto chorągiew organizowała wiele form wypoczynku oraz rajdów, jak np. Harcerski Rajd Szlakami Miejsc Pamięci Narodowej (od 1976), letni rajd pieszy „Szlakiem gen. Walerego Wróblewskiego” (1973-1976).