Ostatnie dwa znaki nie są alfanumeryczne. W niektórych niestandardowych odmianach kodowania base64 mogą one zostać zastąpione znakami - i _ (dywiz i podkreślnik). Dzięki temu można umieścić fragment takiego kodu np. w adresie URL, co dla znaków + i / jest niemożliwe, gdyż plus jest zamieniany na spację, a ukośnik najczęściej oddziela fragmenty ścieżki w URL.
W urządzeniu, które używa 8-bitowego słowa do reprezentacji znaków, dane zakodowane przy pomocy base64 powiększają swój rozmiar o 33% – dlatego np. pliki binarne umieszczone w wiadomościach e-mail zwiększają swoją objętość o ⅓.
Przykład Zdanie (kodowane tutaj w ASCII – stąd brak polskich znaków diakrytycznych)
Idealy sa jak gwiazdy - nie mozna ich osiagnac, ale mozna sie nimi kierowac.
po zakodowaniu base64 wygląda następująco (znak powrotu karetki „CR” i nowej linii „LF” na końcu zdania również zostały zakodowane na potrzeby tego przykładu):
SWRlYWx5IHNhIGphayBnd2lhemR5IC0gbmllIG1vem5hIGljaCBvc2lhZ25hYywgYWxlIG1v em5hIHNpZSBuaW1pIGtpZXJvd2FjLg0K