Po krótkim treningu bohaterowie wyruszają pełnić zadania w różnych miejscach Galaktyki. Jaden czasem współpracuje podczas nich z Katarnem. Stopniowo – prowadząc śledztwo i walcząc z różnego pochodzenia przeciwnikami – Jedi odkrywają działania Uczniów Ragnosa prowadzonych przez Tavion Axmis, Jaden traci też swój pierwszy miecz świetlny i konstruuje nowy.

W międzyczasie Rosh przechodzi na ciemną stronę i występuje przeciw Jadenowi, a kolejne spotkanie z nim staje się próbą dla młodego Jedi – musi dokonać wyboru między jasną a ciemną stroną Mocy. Jaden ostatecznie ocaleje i nawraca Rosha (według kanonicznej wersji fabuły – gracz może bowiem w tym momencie wybrać ścieżkę, którą będzie dalej podążał), a następnie pokonuje w pojedynku protegowaną Tavion – Mroczną Jedi Alorę.

W finale postać gracza stacza na Korribanie pojedynek z Tavion, a następnie – w zależności od wybranej ścieżki – z duchem Ragnosa lub z Katarnem.