Herb i barwy klubu zostały zmienione w 1910 roku kiedy Topuz Hikmet zmienił je na żółte i ciemnoniebieskie, które obowiązują do dziś.
Fenerbahçe dołączył do Istanbul ligi w 1909 roku, kończąc rozgrywki na piątym miejscu w swoim pierwszym sezonie. Pierwszy skład w historii klubu Fenerbahce to – Ziya Songülen,Bey Ayetullah, Okaner Necip, Galip Kulaksizoglu, Hassan Sami Kocamemi, Asaf Bespinar, Enver Yetiker, Sevkati Hulusi Bey, Fuat Hüsnü Kayacan, Hamit Hüsnü Kayacan i Nasuhi Baydar. Klub nie osiągał jakiegoś wielkiego sukcesu do sezonu 1912 – 13, kiedy wtedy to wygrał ligę bez żadnej porażki.
W lipcu 1998 zespół prowadził Joachim Löw, który z powodu słabych wyników został zwolniony rok później.
4 lipca 2006 roku trenerem zespołu została legenda brazylijskiej piłki Zico, który zastąpił na stanowisku szkoleniowca tureckiej drużyny Christopha Dauma. W jego pierwszym sezonie ściągnął do klubu dwóch utalentowanych obrońców: Diego Lugano oraz Edu Dracene. Pod jego wodzą Fenerbaçe zdobyło mistrzostwo Turcji. W kolejnym sezonie do klubu przybył Roberto Carlos.