W wyborach parlamentarnych w czerwcu 2006 zdobyła 6,29% głosów. 28 grudnia 2006 podpisała umowę koalicyjną z ODS i Unią Chrześcijańskich Demokratów – Czechosłowacką Partią Ludową, wchodząc w skład drugiego rządu Mirka Topolánka. Przewodniczący partii Martin Bursík objął wtedy w rządzie stanowisko wicepremiera oraz ministra środowiska. W latach 2009–2010 ugrupowanie popierało rząd Jana Fischera, delegując do niego ministra Michaela Kocába. W wyborach do Parlamentu Europejskiego w 2009 oraz w wyborach do Izby Poselskiej w 2010 partia nie przekroczyła 5%-owego progu uprawniającego do udziału w podziale mandatów.
Według informacji podawanych w 2017 roku w dzienniku Lidové noviny ówczesny przewodniczący partii, , był pierwszym czołowym politykiem większej czeskiej partii politycznej, który ujawnił się jako osoba homoseksualna.
Partia jest członkiem Europejskiej Partii Zielonych oraz Globalnych Zielonych.
Przewodniczący Partii Zielonych PrzewodniczącyOkres1990–19911991–19921992–19951995–19991999–20022002–20032003–2005Martin Bursík2005–2009Ondřej Liška2009–20142015–20162016–20172018–2020 i (wspólnie)2020–2024 i (wspólnie)od 2024
Poparcie w wyborach
Wybory do Czeskiej Rady Narodowej WyboryWynikMandatyZmianaGłosy%295 8444,10–1992Partia startowała w ramach list