W 1803, podczas pożaru miasta, zawala się sklepienie prezbiterium, które podczas remontu zakończonego w 1814, zostało zastąpione pseudosklepieniem drewnianym, zaś do fasady od strony zachodniej dodano nowy szczyt. W 1920 kościół przekazano jezuitom. W 1922 podczas renowacji odkryto wczesnogotycki portal datowany na około 1250 rok. Odkrycia dokonał architekt Stefan Cybichowski. W 1938 przez pewien czas w kościele znajdowały się relikwie Andrzeja Boboli, które po jego kanonizacji przenoszono z Rzymu do Warszawy. Podczas II wojny światowej kościół pełnił funkcję magazynu. W 1963 wyremontowano wnętrze, zaś w latach 1970–1971 odkuto zewnętrzne tynki odsłaniając średniowieczne mury i okna.
Opis Na zachodniej elewacji znajduje się cenny wczesnogotycki portal, z około 1250. Jest on prawdopodobnie wzorowany na portalu z kościoła św. Jakuba w Sandomierzu. Prosty, o zwężającym się w głąb wejściu portal tworzą lekkie, uformowane z ceglanych kształtek trzy pary kolumienek o kamiennych bazach i kapitelach na których wspiera się ostrołukowa archiwolta z kształtek pokrytych delikatnym ornamentem.