Armie Głównodowodzącym osmańską armią inwazyjną był Lala Mustafa Pasza, pod którego rozkazami znalazła się licząca ponad 28 tysięcy żołnierzy armia lądowa (liczba ta nie obejmuje marynarzy znajdujących się na okrętach floty inwazyjnej). Wkrótce do wojsk tych dołączyły jeszcze liczące ok. 20 tysięcy ludzi posiłki. Wyspy broniło ok. 9 tysięcy żołnierzy, w tym 592 kawalerów zakonnych, broniących się głównie w najsilniej umocnionych twierdzach – Forcie św. Elma na półwyspie Sciberras, Forcie św. Anioła na półwyspie Birgu i Forcie św. Michała na półwyspie Senglea – górujących nad zatoką Wielki Port (, ).
Początek – niepowodzenia napastników Mimo bardzo dużej przewagi liczebnej wojska osmańskie nie potrafiły jej wykorzystać, co było skutkiem skłócenia najwyższego dowództwa i prowadziło do fatalnych w skutkach błędów. Z jednej strony głównodowodzący już na początku popełnił spory błąd kierując swe wojska na fort św. Elma, który był pozbawiony większego znaczenia strategicznego w wypadku przejęcia reszty wyspy.