Początek gry przedstawia misję, w której Kyle i Jan otrzymują zadanie zbadania pozornie opuszczonej bazy imperialnej w systemie Kejim. Misja okazuje się trudniejsza niż początkowo zakładano i wprowadza bohaterów na trop poważniejszej intrygi.
Po zakończeniu misji na Kejim, Kyle wraz z Jan udają się na planetę Artus Prime. Tam Katarn walczy z dwojgiem mrocznych Jedi – Tavion oraz jej mistrzem, Desannem. W trakcie starcia Jan zostaje porwana, jednak Kyle jest przekonany, że Jan zginęła. Katarn pozbawiony swoich dawnych umiejętności Jedi nie jest w stanie pokonać Desanna. Udaje się więc do Doliny Jedi, a później do Akademii Jedi Luke’a Skywalkera na Yavinie 4, by odzyskać zdolność posługiwania się Mocą oraz swój miecz świetlny. Przygotowuje się do ponownej konfrontacji z Desannem.
Śledząc działania sprzymierzeńców Desanna na Nar Shaddaa, Kyle spotyka Lando Calrissiana. Razem udają się na Bespin, aby wygnać spiskowców powiązanych z mrocznym Jedi. Tam Kyle stacza zwycięski pojedynek z Tavion i dowiaduje się, że Jan żyje. Tavion upozorowała jej śmierć, by Kyle udał się do Doliny Jedi i wyjawił jej położenie śledzącemu go Desannowi.