Morfem, choć nie posiada tutaj statusu znaku językowego, jest traktowany jako wykładnik (sygnał) zajścia operacji morfologicznej i jest pomocny w ustalaniu zależności pomiędzy leksemami prostszymi i bardziej złożonymi (słowotwórstwo) bądź leksemami i realizującymi je formami wyrazowymi (fleksja). W tym podejściu leksykon użytkownika języka składa się z leksemów.
Istnieją różne pochodne podklasyfikacje systemów morfologicznych, w zależności od akcentu kładzionego na podział pomiędzy słowotwórstwem i fleksją (niektóre podejścia nie rozróżniają formalnie tych dwóch typów operacji) lub np. leksykalnego statusu morfemów (niektóre podejścia odmawiają tego statusu morfemom fleksyjnym). Innym wyróżnikiem jest np. status paradygmatu w teorii morfologicznej, rozumianego jako uporządkowana struktura morfemów fleksyjnych bądź całych form wyrazowych. Niektóre teorie (zarówno morfemiczne, jak i leksemiczne) zakładają, że paradygmaty istnieją niejako niezależnie, definiowane poprzez system gramatyczny języka, i że w procesie budowania zdań wybór form wyrazowych polega na wyborze konkretnej „komórki” paradygmatu na podstawie cech morfosyntaktycznych przypisanych danej pozycji w zdaniu.