W listopadzie 1586 roku Hiszpanie rozpoczęli przygotowania do wyprawy. Jej dowódcą mianowano doświadczonego admirała Álvaro de Bazána, markiza Santa Cruz. Zaproponował on przeprowadzenie bezpośrednio na Anglię wielkiej operacji desantowej, w której miało uczestniczyć 200 okrętów i 60 tys. żołnierzy wraz z całym zapleczem logistycznym. Pomysł ten okazał się niewykonalny, głównie za względu na olbrzymie koszty (8–10 mln dukatów), przekraczające roczne przychody hiszpańskiego budżetu (ok. 9 mln dukatów). Zamiast tego król Filip II, po konsultacji z doradcą wojskowym don Juanem de Zunigą, zaproponował wysłanie znacznie mniejszej floty 130 okrętów, która miała połączyć swe siły z wojskami Aleksandra Farnese, księcia Parmy, stacjonującymi we Flandrii w sile 31 tys. żołnierzy (z czego 17 tys. miało brać udział w inwazji na 200 barkach desantowych, a 14 tys. miało zostać jako przeciwwaga dla powstańców niderlandzkich).