Od drugiej połowy lat 90. piłkarstwo tunezyjskie przeżywa swoje najlepsze dni. W 1996 roku reprezentacja zdobyła wicemistrzostwo Afryki i wzięła udział w Igrzyskach Olimpijskich, a rok później zakwalifikowała się – po dwudziestoletniej przerwie – do finałów mistrzostw świata. We Francji Tunezyjczycy zajęli ostatnie miejsce w grupie notując remis z Rumunią 1:1 i dwukrotnie przegrywając (z Kolumbią 0:1 oraz Anglią 0:2). Także w 1997 roku dwa kluby z Tunezji zdobyły najważniejsze afrykańskie trofea – Étoile Sportive du Sahel wywalczył Puchar Zdobywców Pucharów, a Espérance Tunis – Puchar CAF, odpowiednik europejskiego Pucharu UEFA. Tunezja była obecna również na Mundialu 2002. Koreańsko-japoński czempionat Kartagińskie Orły ponownie zakończyły już po fazie grupowej remisując 1:1 z Belgią, oraz przegrywając z Rosją i Japonią po 0:2. Premierowy triumf z 2004 roku w Pucharze Narodów Afryki ostatecznie udowodnił, że reprezentacja, którą od czterech lat prowadził Francuz Roger Lemerre, należy do absolutnej czołówki drużyn z Czarnego Kontynentu. Dzięki zwycięstwu w PNA 2004 reprezentacja Tunezji wystąpiła w rozgrywkach o Puchar Konfederacji 2005. Zakończyła je jednak już na fazie grupowej. W 2006 roku trzeci raz z rzędu udało jej się awansować do mistrzostw świata.