Faktem jest, że proboszcz św. Ducha był z urzędu prowizorem (zarządcą) szpitala. Pierwszym proboszczem kościoła, znanym z nazwiska był Jędrzej Pronobis w roku 1473 (prepositus oraculi S. Spiritus ad cenobium extra muros Varsavienses). W kronikachA. Wejnert Starożytności Warszawy, Warszawa, 1848-1858 – reprint Wydawnictw Artystycznych i Filmowych – Warszawa 1980, t.II znacznie częściej czytamy o szpitalu św. Ducha, niż o kościele i praktycznie większość otrzymanych przywilejów (np. od Zygmunta Starego i Bony) dotyczyło szpitala. Wymienia się także proboszczów: Jana Szeligę (1574), Wojciecha Pruszczyńskiego (1579) i Wojciecha Badowskiego (1633). W 1629 biskup poznański Maciej Łubieński połączył parafię Św. Trójcy, której zabudowania oddano, na polecenie króla, ss. Brygidkom (dzisiaj nie ma tego kościoła i zabudowań klasztornych, mieściły się one na ul. Nalewki na wprost wylotu ul. Bielańskiej) z parafią św. Ducha.
Świątynia ucierpiała w czasie potopu szwedzkiego. Na mocy uchwały magistratu z 22 sierpnia 1664 r. kościół z dochodami, tytułem probostwa, ze wszystkimi dobrami, użytkami, zyskami i wygodami oddany został paulinom.
Odłączono wtedy szpital od kościoła. Kronikarz zanotował (pisownia oryginalna)
Ofiarę przyjmował ówczesny prowincjał zakonu paulinów w Polsce o.