Świadczy o tym dokument wielkiego mistrza Ludolfa Königa.
Po wzniesieniu korpusu nawowego dobudowano kaplice boczne, jednocześnie podwyższając dachy naw bocznych i ukrywając pod nimi łuki odporowe, co pozostawiło widoczne do dziś ślady w elewacji kościoła. Charakterystyczny podwójny dach wieży został zbudowany po pożarze w 1455 roku. W 1345 roku prawo patronatu nad kościołem otrzymał klasztor cysterek, z czasem benedyktynek. Od 1557 roku służył nowomiejskim ewangelikom, w 1667 roku został ponownie przejęty przez benedyktynki, jako odszkodowanie po utracie kościoła św. Ducha, zburzonego przez wojska szwedzkie podczas potopu. W 1724 roku w sąsiedztwie tegoż kościoła rozpoczęły swój bieg wypadki nazwane później tumultem toruńskim. Przebudowany budynek dawnego klasztoru znajduje się po południowej stronie kościoła, z którym kiedyś był połączony szerokim gankiem. Świadczy o tym plan kościoły wykonany przez Georga Friedricha Steinera w XVIII wieku. W 1833 roku benedyktynki utraciły kościół.
W 2006 roku został otwarty odcinek Polskiej Drogi św. Jakuba z Olsztyna do Gietrzwałdu. Rok później został przedłużony do Torunia. gdzie punkt trasy ulokowano w kościele św. Jakuba.
25 lipca 2021 roku kościół został podniesiony do rangi sanktuarium.