30 pierwszych planowano wykorzystać do prób i eksperymentów. thumb|left|Zdobyczny Fa 223 podczas testów w USA Drugi prototyp Fa 223V2 uległ katastrofie w lutym 1941. Miał on całkowicie oszklony nos i okienka na bokach kadłuba. Trzeci prototyp Fa 223V3 miał być wzorcem dla wersji Fa 223E. Była to maszyna wielozadaniowa – możliwy był montaż wyrzutników bombowych, dodatkowych odrzucanych zbiorników paliwa oraz wciągarki ratowniczej. Prace nad nową konstrukcją zostały zahamowane w czerwcu 1942. Zakłady Focke-Achgelis w Delmenhorst zostały zbombardowane przez brytyjskie lotnictwo. Zniszczeniu uległy prototypy i siedem gotowych egzemplarzy Fa 223E-0. Zakłady przeniesiono do Laupheim. Do lipca 1944 zbudowano tam siedem śmigłowców Fa 223E-0. Maszyny te przeszły próby m.in. w warunkach górskich. Wypróbowano możliwości transportu zaopatrzenia w różnych warunkach pogodowych. Śmigłowiec zebrał entuzjastyczne opinie. Reakcją Ministerstwa Lotnictwa Rzeszy, był rozkaz rozpoczęcia produkcji w liczbie 400 maszyn miesięcznie. Miała się ona odbywać w budynkach portu lotniczego Berlin-Tempelhof. Wykonano tam kilka egzemplarzy.