Po wybuchu II wojny światowej, mimo rozwiązaniu przez okupanta stowarzyszeń, kontynuował działalność społeczną i charytatywną. Przyczynił się do powstania Komitetu Pomocy dla Wysiedlonych, który wszedł w skład Rady Głównej Opiekuńczej. Od kwietnia 1941 r. był zastępcą przewodniczącego Sekcji Pomocy dla Ziemian i Rolników RGO w Krakowie. Zachęcał do tworzenia w gminach i powiatach placówek RGO. Osobiście kierował placówkami w Mielcu i Tarnobrzegu. W swoim majątku ukrywał żydowską dziewczynkę.

Najważniejszym jego dziełem z tego okresu było utworzenie w 1940 r. konspiracyjnej i paramilitarnej organizacji ziemian i przemysłowców „Uprawa”, noszącej później kryptonimy „Tarcza” i „Opieka”. Był jej pomysłodawcą i współorganizatorem. Po zatwierdzeniu przez Wodza Naczelnego gen. Władysława Sikorskiego kierował jej strukturami w Okręgu Kraków, używając pseudonimu „Leliwa”. Organizacja ta, kierowana przez Leona Krzeczunowicza, administratora majątku w Sieciechowicach k. Miechowa, wspomagała Polskie Państwo Podziemne poprzez zbiórkę funduszy i żywności, wspieranie oddziałów Związku Walki Zbrojnej-Armii Krajowej, ukrywanie broni i radiostacji oraz osób poszukiwanych przez okupanta. Organizowała także pomoc dla wysiedlanej przez Niemców ludności cywilnej.