21 listopada tego samego roku został wyświęcony na hierodiakona.
1 marca 1809 hierodiakon Filaret został przeniesiony do pracy w seminarium duchownym w Petersburgu jako kierownik katedry filozofii. 28 marca tego samego roku został wyświęcony na hieromnicha. Od 1810 był natomiast wykładowcą Petersburskiej Akademii Duchownej, gdzie prowadził kursy teologii dogmatycznej oraz historii Kościoła prawosławnego. W 1811 otrzymał godność archimandryty. Popularny zarówno wśród duchowieństwa, jak i świeckich, cieszył się protekcją oberprokuratora Świątobliwego Synodu Rządzącego Aleksandra Golicyna. W 1812 otrzymał tytuł profesora teologii. Według oceny współczesnych wprowadził w kierowanej przez siebie Akademii wzorowe porządki.
Inicjator przekładu synodalnego Biblii na język rosyjski oraz autor Katechizmu prawosławnego. Tomáš Špidlik określa go jako „żarliwego duszpasterza i wspaniałego kaznodzieję”T. Špidlik, Wielcy mistycy rosyjscy, M, Kraków 1996, s.57.
23 czerwca 1817 otrzymał nominację na biskupa rewelskiego, wikariusza eparchii petersburskiej. Chirotonia biskupia odbyła się 5 sierpnia tego samego roku. W 1819 otrzymał godność arcybiskupią i został przeniesiony na katedrę twerską.