Zdecydowany kontynuować walkę, dotarł we wrześniu 1940 do Wielkiej Brytanii, awansowany do rangi komandora podporucznika (capitaine de corvette) dostał przydział do sztabu głównego sił morskich Wolnej Francji w Londynie. W lutym 1941 objął dowództwo okrętu podwodnego „Junon”, 1 lipca otrzymał promocję na stopień komandora porucznika (capitaine de frégate) a w sierpniu został dowódcą 1. Dywizjonu Okrętów Podwodnych Wolnej Francji, w skład którego wchodziły: „Minerve”, „Rubis” i „Junon”.
„Junon”, okręt flagowy dywizjonu, wykonywał najbardziej niebezpieczne misje, patrolował fiordy u wybrzeży norweskich, gdzie często ukrywały się niemieckie krążowniki i pancerniki. Atakował wrogie jednostki i przerzucał agentów oraz komandosów, między innymi oddział który zaatakował zakład produkcji ciężkiej wody we wrześniu 1942. Dzięki tej operacji Querville zdobył reputację specjalisty od trudnych zadań.
12 stycznia 1943 został odznaczony orderem Compagnon de la Libération, po czym otrzymał przydział do sztabu osobistego generała De Gaulle’a. W listopadzie 1943 został dowódcą fregaty „Aventure” z 1. Dywizjonu Fregat. Jako dowódca dywizjonu brał udział w lądowaniu w Normandii w czerwcu 1944.