Inwestycja była jednym z sześciu projektów rozwojowych oddanych w tym okresie do użytku na terenie okupowanej wówczas przez Indonezję prowincji Timor Wschodni i sfinansowana została m.in. z funduszy indonezyjskiej armii (235 tys. dolarów), środków rządu centralnego, rządu prowincji oraz datków społeczności (381 tys. dolarów).
thumb|left|Katedra z fragmentem ogrodzenia (2023) W październiku 1989 roku podczas swojej podróży apostolskiej do Korei Południowej, Indonezji i Mauritiusa konsekracji świątyni dokonał papież Jan Paweł II. Trzeciego „otwarcia” katedry dokonał 8 grudnia 1989 roku biskup Carlos Filipe Ximenes Belo, odprawiając w niej pierwszą mszę świętą.
Budowla odegrała ważną rolę w walce o niepodległość Timoru Wschodniego oraz w późniejszym życiu politycznym i społecznym kraju. Katoliccy duchowni, w tym biskup Belo, nawoływali do udziału w referendum w 1999 roku, czego następstwem było uzyskanie niepodległości w 2002 roku. 27 kwietnia tego roku w katedrze powitano figurę Matki Bożej Fatimskiej, patronki Timoru Wschodniego, która następnie przez trzy tygodnie peregrynowała po kraju, uświetniając uroczystości niepodległościowe.