Niepodległy Uzbekistan W 1993 budowlę w stanie ruiny otrzymali katolicy. Rozpoczęła się przebudowa według nowego projektu, którą zajmował się papieski ordynariusz w Uzbekistanie polski franciszkanin o. Krzysztof Kukułka. Sfinansowały ją m.in. Watykan, katolickie fundacje z Niemiec, konferencje episkopatów Anglii, Kanady, Niemiec, Polski, USA i Włoch oraz osoby prywatne. 22 października 2000 roku świątynia po 88 latach od rozpoczęcia jej budowy, została konsekrowana jako kościół pw. Najświętszego Serca Jezusa. Od 1 kwietnia 2005 roku, po ingresie Apostolskiego Administratora w Uzbekistanie, biskupa Jerzego Maculewicza, stała się katedrą. Jest ona dwupoziomowa. Wykorzystywana jest także na koncerty muzyki organowej, orkiestr symfonicznych i chórów.
Pierwszy katolicki ksiądz z Uzbekistanu W 2012 w katedrze NSPJ w Taszkencie bp Jerzy Maculewicz wyświęcił pierwszego uzbeckiego kapłana – Siergieja Fedorova. Kiedy otwierano kościół, Fedorov (wtedy niewierzący) zobaczył ogłoszenie w gazecie, po czym przyszedł na uroczystość do katolików z ciekawości.