Od strzępek łącznikowych strzępki szkieletowe odróżniają się tym, że mają taką samą średnicę na większości swojej długości, podczas gdy u strzępek łącznikowych ich boczne gałęzie wyrastające z głównego pnia zwężają się. Ponadto strzępki szkieletowe rosną w sposób bardziej kierunkowy; w kontekście promieniowo, w tramie pionowo, strzępki łącznikowe natomiast są bardziej chaotycznie ułożone.
W rodzaju Ganoderma występują drzewkowato rozgałęzione strzępki szkieletowe. Ich początkowa część na długości do 200 µm jest nierozgałęziona, a następnie tworzy boczne odgałęzienia podobne do drzewa. Gdyby obserwować tylko jej początkową część, można by ją uznać za strzępkę łącznikową. Strzępki łącznikowe mogą być bardzo podobne do właściwych strzępek szkieletowych. Aby pewnie stwierdzić rodzaj strzępki, konieczne jest zbadanie długich odcinków podejrzanych strzępek szkieletowych, czy nie ma na nich przegród, sprzążek i rozgałęzień. W mikroskopie z kontrastem fazowym strzępki szkieletowe załamują światło ze względu na grube ścianki. Ich wierzchołek zwykle jest cienkościenny i zmiana grubości ściany często następuje nagle.