W sierpniu 1842 został wykładowcą teologii dogmatycznej w Petersburskiej Akademii Duchownej. Dwa lata później mianowano go jej inspektorem i profesorem zwyczajnym Akademii, otrzymał również godność archimandryty. W 1847 obronił doktorat w dziedzinie teologii. Jako dysertację doktorską potraktowano wydany drukiem zbiór tego wykładów z teologii dogmatycznej. W latach 1847–1849 był równocześnie wykładowcą historii Rosyjskiego Kościoła Prawosławnego. Rok później został rektorem Petersburskiej Akademii Duchownej, odpowiadał również za naukę religii prawosławnej w szkołach petersburskich. W latach 1853–1857 prowadził na Akademii wykłady z zakresu dziejów rozłamu w Cerkwi rosyjskiej i staroobrzędowców. Od 1850 do 1857 był redaktorem naczelnym pisma „Christianskoje Cztienije”.
Biskup 28 stycznia 1851 Makary (Bułgakow) został wyświęcony na biskupa winnickiego, wikariusza eparchii podolskiej, zachowując stanowisko rektora Petersburskiej Akademii Duchownej. Trzy lata później został członkiem Rosyjskiej Akademii Nauk. Od 1856 do 1857 zasiadał w Głównym Zarządzie Szkół Duchownych.