Będący odpowiednikiem biskupów seniorzy (superindendenci), stojący na czele dystryktów, mieli do pomocy konseniorów (od końca XIX wieku zaprzestano mianować na to stanowisko). Ordynowanego przez synod pastora nazywano ministrem, księdzem lub kaznodzieją; dla proboszczów stosowano też określenie pierwszy pastor. Niższy był stopień diakona, pozostającego pod nadzorem pastora i uprawnionego do prowadzenia nabożeństw i nauczania katechizmu; byli to wyłącznie mężczyźni, w Jednocie Litewskiej nie było diakonis. Kolejnym i najniższym stopniem w hierarchii był lektor; byli to często kandydaci na duchownych jeszcze przed rozpoczęciem studiów.
Kwestiami bieżącymi Jednoty zajmowało się Kolegium Kuratorów, w skład którego wchodzili wybierani dożywotnio kuratorzy świeccy oraz duchowni: urzędujący seniorzy oraz konseniorzy.
Na synodzie w 1827 roku wprowadzono wymuszone przez władze carskie zmiany w strukturze organizacyjnej. Utworzono urząd superintendenta generalnego oraz konsystorz, nie miał on jednak władzy wykonawczej we wspólnocie, gdyż podejmowane przez niego uchwały były zatwierdzane przez Kolegium Kuratorów.