W 1947 roku wstąpił do Unii Chrześcijańsko-Społecznej (CSU), gdzie był prezesem Stowarzyszenia Chrześcijańsko-Demokratycznego Szkolnictwa Wyższego. Od 1966 do 1970 był członkiem okręgu wyborczego Dolnej Frankonii w parlamencie Bawarii. Był także członkiem Komisji ds. Polityki Kulturalnej, a w 1967 dołączył do Bawarskiego Państwowego Urzędu ds. Edukacji Politycznej i Państwowego Urzędu ds. Odszkodowań. Był zwolennikiem teologicznych idei prawa naturalnego i jako chrześcijański konserwatysta w pełni popierał nauczanie Kościoła katolickiego.

Kontrowersje Afera Flicka W 1985 roku Heydte stał się jedną z głównych postaci afery Flicka, poważnego skandalu związanego z finansowaniem partii, w ramach którego Heydte rzekomo jako wieloletni dyrektor Instytutu Nauk Politycznych i Polityki w Würzburgu pomagał prać pieniądze przekazywane na cele polityczne do CDU/CSU i FDP. Musiał przez to złożyć wyjaśnienia przed Federalnym Trybunałem Konstytucyjnym.

Afera „Spiegla”