Drugi rejs bojowy i utrata okrętu 19 czerwca U-Boot wyszedł z Lorient na swój drugi patrol na Atlantyku. 27 czerwca na południowy zachód od Islandii szykujący się do ataku na konwój U-556 został wykryty za pomocą ASDIC-a przez brytyjską korwetę , która zrzuciła w miejscu kontaktu 20 bomb głębinowych. Na miejsce przypłynęły kolejne korwety i , zrzucając odpowiednio 20 i 10 bomb. U-Boot doznał poważnych uszkodzeń i wynurzył się alarmowo, dostając się pod ogień dział kalibru 102 mm fregat, a jego dowódca wydał rozkaz opuszczenia okrętu, który zatonął na pozycji . Z liczącej w tym rejsie 46 osób załogi U-Boota zginęło pięciu marynarzy, a 41 zostało uratowanych.
Podsumowanie działalności bojowej U-556 odbył dwa patrole bojowe, spędzając w morzu 39 dni. W ich trakcie zatopił sześć statków o łącznej pojemności BRT oraz uszkodził statek o pojemności BRT. Na pokładach zatopionych i uszkodzonych jednostek zginęło co najmniej 120 osób, w tym 53 na brytyjskim zbiornikowcu „British Security”. Pełne zestawienie strat przedstawia poniższa tabela: