W 2001 wydali płytę the best of zatytułowaną Disc One: All Their Greatest Hits 1991-2001 (tytuł to odniesienie do jednej z ich piosenek „Box Set”). Album kończyła zupełnie nowa piosenka o tytule „Thanks, That Was Fun”, dlatego niektórzy fani mylnie podejrzewali iż zespół planuje zakończyć działalność.
Album Everything to Everyone został wydany w 2003. Niestety sprzedawał się najgorzej w całej historii zespołu, więc BNL zerwali kontrakt z wytwórnią i całkowicie się uniezależnili. Nowe piosenki tworzą w prywatnym studiu Stevena Page'a, a promocję prowadzą głównie przez internet.
W 2004 BNL wydali album ze zbiorem świątecznych piosenek w ich własnej aranżacji nazwany Barenaked For The Holidays.
Pod koniec 2005 zespół był w trakcie nagrywania nowego albumu.
Pełna dyskografia zespołu Wczesne albumy Buck Naked (1989) Barenaked Lunch /The Pink Tape/ (1990) The Yellow Tape (1991)
Główne albumy Gordon (1992) #1 CAN Maybe You Should Drive (1994) #175 US Born On A Pirate Ship (1996) #111 US Stunt (1998) #9 CAN, #3 US Maroon (2000) #2 CAN, #5 US Everything to Everyone (2003) #6 CAN, #10 US Barenaked for the Holidays (2004) #64 US