W mikroskopach z ruchomą wiązką, wiązka elektronów jest skupiona na powierzchni preparatu. Układ odchylania przesuwa wiązkę po preparacie, uwalniane z preparatu elektrony są rejestrowane wraz z danymi o położeniu wiązki. Po przetworzeniu danych uzyskuje się obrazy o dużej rozdzielczości i znacznej głębi ostrości.
Mikroskop jonowy
W celu zmniejszenia efektów falowych w mikroskopach wiązkowych w miejsce elektronów używa się jonów.
Zastosowania Za pomocą mikroskopów elektronowych uzyskuje się niezwykle efektowne obrazy praktycznie we wszystkich dziedzinach nauki. Ograniczeniem jest jednak konieczność wykonywania pomiaru w próżni (problem w przypadku próbek biologicznych) oraz przewodnictwo elektryczne próbki. W przypadku mikroskopii transmisyjnej wykonuje się tzw. repliki: próbkę badaną napyla się (w tzw. napylarce próżniowej) cienką warstwą metalu (najlepiej złotem) a następne usuwa oryginalną próbkę i wykonuje obraz repliki. W przypadku mikroskopii skaningowej próbkę również napyla się metalem, ale nie trzeba usuwać próbki właściwej.