W 1997, po kilku latach, ZIL ponownie zajął się sponsoringiem klubu, który przyjął nazwę Torpedo-ZIL (ponieważ w Rosji istniał już klub Torpedo Moskwa, zwyczajowo nazywany Torpedo-Łużniki). W 2003 roku gigant samochodowy ponownie sprzedał klub, tym razem firmie metalurgicznej i zespół zmienił nazwę na Torpedo-Metałłurg. Od 2004 klub jest w posiadaniu miasta Moskwy i nosi nazwę FK Moskwa. Wydatną pomoc daje klubowi jego fan, mer Moskwy Jurji Łużkow. Zespół od niedawna wspiera też Oleg Deripaska, najbogatszy Rosjanin. Szacuje się, że na sezon 2008 w budżecie klubu zarezerwowano równowartość 35 mln USD. W sezonie 2006 występowało tutaj dwóch Polaków, byłych zawodników Wisły Kraków: Damian Gorawski (od wiosny 2005) oraz Mariusz Jop (od jesieni 2004). 14 i 28 sierpnia 2008 roku FK Moskwa wyeliminował w 2. rundzie kwalifikacji Pucharu UEFA z warszawską Legię (2:1 w Warszawie, 2:0 w Moskwie). W lutym 2010 roku FK Moskwa został wycofany z rozgrywek Premier Ligi z powodu niestabilnej sytuacji finansowej i wycofania się sponsora klubu – Norylskiego Niklu.
thumb|250px|Stadion im. Eduarda Strielcowa. thumb|250px|Mariusz Jop i Oleg Kuzmin (2009).
Sukcesy Priemjer-Liga 4.