Po spadku problemy licencyjne sprawiły, że PFL 14 lutego 2006 karnie relegowała klub do trzeciej ligi, grupy południowej. W III lidze Ałanija, grająca ponownie pod nazwą Spartak, zajęła 1. miejsce i awansowała do II ligi. W sezonie 2010 klub na rok zagościł w najwyższej klasie rozgrywkowej i spadł z niej zajmując ponownie 15., przedostatnie, miejsce. W sezonie 2011 Ałanija będzie grała w Rosyjskiej Pierwszej Dywizji. thumb|250px|Mecz Ałanija - Spartak Moskwa (2010).
Europejskie puchary
Sezon Rozgrywki Runda Przeciwnik Dom Wyjazd Ogólnie 1993/94 Puchar UEFA 1R Borussia Dortmund 0–1 0–0 0–1 1995/96 Puchar UEFA 1R Liverpool F.C. 1–2 0–0 1–2 1996/97 Liga Mistrzów 1Q Rangers F.C. 2–7 1–3 3–10 Puchar UEFA 1R RSC Anderlecht 2–1 0–4 2–5 1997/98 Puchar UEFA 2Q Dnipro Dniepropietrowsk 2–1 4–1 6–2 1R MTK Budapest 1–1 0–3 1–4 2000/01 Puchar UEFA 1R Amica Wronki 0–3 0–2 0–5 2011/12 Liga Europy 3Q FK Aktobe 1–1 1–1 2–2, k: 4–2 PO Beşiktaş JK 2–0 0–3 2–3
Sukcesy
11. miejsce w Wyższej Lidze ZSRR: 1970. 1/16 finału Pucharu ZSRR: 1970, 1971, 1972, 1973, 1978, 1985, 1992.
Trenerzy od lat 90.