Gra w barwach Ajaksu to kontynuacja znakomitej passy strzeleckiej zwieńczonej 33 bramkami i tytułem króla strzelców (daje mu 10. miejsce w historii strzelców Eredivisie w jednym sezonie), jednocześnie pomógł Ajaksowi awansować do eliminacji kolejnej edycji Ligi Mistrzów. Wywalczył też wicemistrzostwo oraz Puchar Holandii.
Kolejnym etapem w karierze tego utalentowanego napastnika powinien był być występ w pierwszej reprezentacji Holandii, ale selekcjoner Marco van Basten długo nie dawał mu szansy i mimo krytyki mediów i kibiców nie zabrał go na Mistrzostwa Świata w Niemczech, pomimo rozegrania świetnego sezonu. Za to z reprezentacją młodzieżową zdobył mistrzostwo Europy w turnieju rozegranym w Portugalii. Huntelaar został królem strzelców w tym turnieju, zdobywając 4 bramki. W pierwszej reprezentacji zadebiutował 16 sierpnia 2006 w wygranym 4–0 spotkaniu z Irlandią i w debiucie uzyskał 2 gole. Od tego czasu wywalczył sobie pewne miejsce w pierwszej jedenastce „Pomarańczowych”.