Dodatkowo 29 października 2009 został skazany przez Wydział Dyscypliny PZPN na siedem lat bezwzględnej dyskwalifikacji (przy czym w karę tę wliczono okres zawieszenia licencji trenerskiej od 2008) oraz 20 tys. zł grzywny. Kara miała obowiązywać do 2016 roku. 5 lipca 2012, po upływie czterech lat zawieszenia, Komisja Kształcenia i Licencjonowania Trenerów PZPN udzieliła Wdowczykowi licencję UEFA Pro na okres 1 roku, zaś Trybunał Arbitrażowy przy PKOl przywrócił możliwość pracy w zawodzie trenera.
Powrót do sportu Po odbyciu kary zawieszenia, 20 marca 2013 powrócił na ławkę trenerską w Pogoni Szczecin. W swoim pierwszym sezonie uratował zespół przed spadkiem zajmując 12. miejsce, w drugim zaś po 30 kolejkach Pogoń znajdowała się tuż za podium (4. miejsce), jednak w fazie finałowej zespół przegrał 5 meczów i spadł na 7. miejsce. 21 października 2014 po porażce 0:5 i spadku na 10. miejsce, Wdowczyk odszedł z klubu za porozumieniem stron. Jego ogólny bilans w Pogoni to 19 zwycięstw, 22 remisy i 19 porażek.
Od 13 marca do 10 listopada 2016 był trenerem Wisły Kraków. 3 marca 2017 został trenerem Piasta Gliwice.