Przygotował się do długiego oblężenia, a także przeprowadził w pierwszej połowie maja kilka zwycięskich wypadów przeciwko rojalistom. Później jego sytuacja pogorszyła się, ponieważ spodziewane posiłki ochotników i Francuzów nie nadeszły, a siły oblegających zostały wzmocnione przez około cztery tysiące rojalistów z armatami i moździerzami, a także doświadczone dowództwo. Oblężenie trwało do końca czerwca, kiedy nadeszły wieści o upadku Republiki Partenopejskiej.
1 lipca 1799 została podpisana kapitulacja twierdzy Pescara, która dała mu swobodę przyłączenia się do Francuzów w Ankonie. Nie doszło to do skutku w wyniku zamieszek, które wybuchły w mieście, m.in. z powodu zdrady Pietra Sevenno, lokalnego dowódcy, co wywołało pożar arsenału i wzbudziło czujność wojsk rojalistycznych. Pokonali oni uciekających republikanów. Carafa został aresztowany i 19 sierpnia 1799 zamknięty w zamku Carmine w Neapolu. 2 września 1799 został (za namową kardynała Fabrizio Dionigi Ruffo) skazany na karę śmierci, którą wykonano wieczorem 4 września 1799 przez ścięcie.