Wraz z innymi harcerkami opuściła Górny Śląsk i udała się do prewentorium dziecięcego w Rabsztynie. W różnych miejscach służyła jako sanitariuszka. Przez Wolbrom, Kazimierzę Wielką, Mielec, Kolbuszową i Rzeszów udało jej się dostać do Krakowa. Od listopada 1939 roku została zatrudniona w Polskim Komitecie Pomocy Wysiedlonym i w Polskim Czerwonym Krzyżu. W styczniu 1941 roku powierzono jej obowiązki kierowniczki administracyjno-gospodarczej w Radzie Głównej Opiekuńczej. Nawiązując kontakt z harcerkami w rozproszeniu i na Górnym Śląsku, organizowała w miarę możliwości konspiracyjną Komendę Chorągwi Śląskiej z siedzibą w Krakowie. Powstawały tzw. „Ogniwa”, liczące po 45 osób. Chorągiew liczyła ich 19. Kuśnierzewska złożyła przysięgę wojskową na wiosnę 1941 roku (ZWZ, AK). W randze porucznika współpracowała z Komendą Pogotowia Harcerek w Warszawie oraz Delegaturą Rządu na Śląsk. W ramach Towarzystwa Opieki nad Więźniami „Patronat” wraz z innymi harcerkami organizowała pomoc dla więźniów i byłych więźniów. Od maja 1941 we współpracy z Wincentym Heinem tworzyła kartotekę osadzonych w więzieniu na Montelupich – 9000 kart formatu pudełka od zapałek.