Jego pierwszą żoną była Nelly Jarowaja, która zajmowała się podobną tematyką badawczą, tj. grzybami atakującymi bezkręgowce. Dla jej uhonorowania Batko jeden z nowo opisanych przez siebie rodzajów nazwał Nellymyces ('grzyb Nelly'). Jedynym opisanym gatunkiem jest Nellymyces megaceros, czyli „wielkorogi”, a sam Batko po rozwodzie spolszczał tę nazwę, przekręcając na „rogi Nelly”. Według jego studentów i współpracowników był to jeden z przejawów jego humoru wyrażany podczas zajęć akademickich. Kolejną żoną była Antonina Hanna Trukawka. Miał troje dzieci – Andrzeja z pierwszego oraz Katarzynę i Bazyla z drugiego małżeństwa.
Odbył długie wyjazdy stypendialne do Związku Radzieckiego i Czechosłowacji, ale twierdził, że nie lubi wyjeżdżać za granicę, delegując w tym celu swoich podwładnych.
Zmarł 8 marca 1997 roku. Został pochowany na cmentarzu parafialnym na warszawskim Grabowie.
Kariera naukowa Ministerstwo Szkolnictwa Wyższego przyznało mu stypendium w formie studiów na Wydziale Biologii i Gleboznawstwa Moskiewskiego Uniwersytetu im. Łomonosowa. Tam pod kierunkiem A.A. Jewłachowej napisał pracę magisterską o grzybach entomopatogenicznych Bolezni nasekomych, wyzywajemyje entomoftorowymi gribami. Obronił ją z wyróżnieniem w 1956.