27 stycznia 2016 objął stanowisko dowódcy 18 pułku rozpoznawczego w Białymstoku. W styczniu 2018 został służbowo skierowany do Warszawy, gdzie pełnił służbę na stanowisku szefa Zarządu Rozpoznania i Walki Elektronicznej Dowództwa Generalnego Rodzajów Sił Zbrojnych. Od 25 listopada 2022 piastuje stanowisko szefa Zarządu Analiz Wywiadowczych i Rozpoznania P2 w Sztabie Generalnym Wojska Polskiego.
W związku ze znieważeniem dowódcy 2 Hrubieszowskiego Pułku Rozpoznawczego, jednej z parlamentarzystek Polski 2050 oraz byłego ministra Obrony Narodowej Antoniego Macierewicza z grudnia 2021, płk Marcin Frączek w 2024 został skazany na karę trzech miesięcy ograniczenia wolności przez Wojskowy Sąd Okręgowy w Warszawie. W związku z tym wyrokiem stracił funkcję w Zarządzie Analiz Wywiadowczych i Rozpoznawczych.
Awanse 45px|link=podporucznik podporucznik – 1995 45px|link=porucznik porucznik – 1998 45px|link=Kapitan (ranga) kapitan – 2002 45px|link=major major – 2006 45px|link=podpułkownik podpułkownik – 2010 45px|link=pułkownik pułkownik – 2016