Po zakończeniu etapu I został wyłoniony gospodarz turnieju finałowego, na którego wybrano AZS Koszalin, dzięki czemu mógł grać w turnieju bez konieczności uczestnictwa w etapie II. Etap II – Faza Centralna: do etapu przystąpiło 2 drużyny z etapu I, 3 drużyny Intermarché Basket Cup na szczeblu PZKosz oraz PGE Turów Zgorzelec (od pierwszej rundy), Asseco Prokom Gdynia, Trefl Sopot oraz Stelmet Zielona Góra (od drugiej rundy). Zwycięzcy meczów pierwszej rundy awansują do drugiej rundy, którego zwycięzcy meczów awansują do turnieju finałowego. Etap III – Turniej finałowy: w turnieju finałowy udział wzięły 3 drużyny, które wygrały mecze w drugiej rundy etapu II oraz gospodarz, AZS Koszalin. Rozegrano półfinały i finał, w którym grali zwycięzcy półfinałów.
Etap I Losowanie par odbyło się 26 września 2012 roku podczas Superpucharu Polski 2012 w Zielonej Górze.
Pierwsza runda Wyniki
Pierwszy mecz
Rewanż
Druga runda Wyniki
Pierwszy mecz
Rewanż
Etap II Losowanie par odbyło się 2 stycznia 2013 roku w siedzibie Polskiej Ligi Koszykówki w Warszawie.
Pierwsza runda