Więcej informacji Główną różnicą pomiędzy wcześniejszymi wydaniami MS-DOS jest sposób użycia pliku . W wersji 7 nie jest plikiem binarnym, lecz plikiem konfiguracyjnym. Starszy sposób rozruchu, w którym Windows nie zostaje uruchomiony automatycznie i system ładuje wiersz poleceń DOS, mógł zostać zachowany po ustawieniu opcji na 0 (zero) w pliku . W przeciwnym razie, Windows zostanie automatycznie załadowany przy rozruchu. W rzeczywistości jednak było to automatyczne przywołanie pliku , programu startującego Windows. Windows 95 oraz 98 są zależne od MS-DOS do rozruchu 32-bitowego jądra oraz wczytywania 16-bitowych sterowników urządzeń przeznaczonych dla MS-DOS, chociaż MS-DOS 7 być może jest bardziej „ukryty” niż wcześniejsze wydania. Stwierdzenie to jest również prawdziwe dla Windows Me, choć system ten uniemożliwia uruchomienie MS-DOS bez 32-bitowego jądra Windows.
W tej nowej wersji pliku należy również ustawić ścieżki do (prawdopodobnego, ale w rzeczywistości niekoniecznego) folderu Windows i folderu rozruchowego. (choć inny binarnie) pozostał jako wstępny plik rozruchowy, który uruchamia procedury uruchamiania BIOS-u, jeśli są poprawnie zlokalizowane.