Irlandzkie Kolegium św. Izydora W 1624 roku kościół i klasztor przeszły w ręce franciszkanów irlandzkich, którzy zmuszeni zostali do opuszczenia Irlandii w wyniku prześladowań ze strony władz angielskich. W ten sposób zapoczątkowane zostało Irlandzkie Kolegium św. Izydora. Pierwszym rektorem był irlandzki franciszkanin i teolog Luke Wadding, który rozbudował klasztor i wyposażył bibliotekę. W 1625 kolegium zostało zaaprobowane w oficjalnej bulli przez papieża Urbana VIII. Kościół klasztorny zyskał dodatkowego patrona w osobie św. Partyka z Irlandii.
Klasztor został skasowany w czasach napoleońskich. W latach 1810–1820 rezydowali w nim nazareńczycy. Pamiątką po ich działalności jest nazwa ulicy, przy której znajduje się konwent – Via degli Artisti (). Kolegium irlandzkie w latach swojej działalności przygotowywało misjonarzy, pracujących później, m.in. w Ameryce i Australii.
W 2008 roku decyzją generała José Rodrígueza Carballo, do Kolegium św. Izydora przeniesione zostało franciszkańskie Kolegium św. Antoniego z Grottaferraty wraz ze swoją biblioteką i archiwum.
Trzech wychowanków kolegium dostąpiło chwały ołtarzy: św. Humilis z Bisignano, bł. Bonawentura z Barcelony, bł. Karol Meehan. Absolwentem kolegium był historyk irlandzki Patrick Fleming.