Decyzja ta nie wzbudziła fali protestów wśród poddanych, szybko znalazła swoje poparcie wśród szlachty, później chłopstwa i mieszczaństwa, a nawet sporej części duchowieństwa. Aby ustabilizować sytuację książę wydał „Porządki kościelne”.
Początki kontrreformacji miały miejsce za panowania syna Wacława III Adama: Adama Wacława, który w 1611 r. dokonał konwersji na katolicyzm, wypędził najbardziej aktywnych duchownych i odebrał kościoły w Cieszynie, Orłowej, Skoczowie i Strumieniu. Jednak prześladowania ewangelików za panowania Piastów, aż do ostatniej ich przedstawicielki Elżbiety Lukrecji były nieporównywalnie mniejsze od tych z czasów objęcia władzy przez wiedeńskich władców. W początkowym okresie panowania Habsburgów, czyli od 1654 do 1709 roku odebrano luteranom wszystkie kościoły, zakazano odprawiania nabożeństw i skonfiskowano Biblie i książki religijne. Jednak wiara luteran przetrwała, gdyż silnie zakorzeniła się wśród lokalnego ludu odprawiano potajemnie nabożeństwa w Beskidach, jak na Równicy i Małej Czantorii, część osób uciekła do bardziej tolerancyjnego Bielska i na ziemię żywiecką.