W wyborach w 2001 uzyskał mandat poselski na Sejm IV kadencji jako kandydat Samoobrony RP z okręgu koszalińskiego, uzyskując 498 głosów. Mandat zapewnił mu kandydujący w tym samym okręgu Andrzej Lepper, który otrzymał wówczas 44 814 głosów. Do 2005 pełnił funkcję wiceprzewodniczącego Komisji Skarbu Państwa. Zasiadał też w Komisji do Spraw Unii Europejskiej oraz piętnastu podkomisjach. Od stycznia do kwietnia 2004 zasiadał także w komisji śledczej do zbadania tzw. afery Rywina.
W wyborach w 2005 Jan Łączny po raz drugi został posłem liczbą 2229 głosów. Do 2007 był wiceprzewodniczącym Komisji Rolnictwa i Rozwoju Wsi. Przewodniczył Podkomisji nadzwyczajnej do rozpatrzenia rządowego projektu ustawy o zmianie ustawy o związkach zawodowych rolników indywidualnych oraz ustawy o społeczno-zawodowych organizacjach rolników. Pełnił również funkcję wiceprzewodniczącego Polsko-Niemieckiej Grupy Parlamentarnej.
W przedterminowych wyborach parlamentarnych w 2007 bezskutecznie ubiegał się o reelekcję (dostał 470 głosów). W 2010 został wykluczony z partii. Następnie związał się z Prawem i Sprawiedliwością. W wyborach samorządowych w 2014 ubiegał się z listy tego ugrupowania o mandat radnego powiatu koszalińskiego.
Został odznaczony honorową odznaką „Zasłużony dla Ziemi Koszalińskiej”.